Между тем, в Петербурге решался вопрос об отправлении балтийской корабельной эскадры под командованием адмирала С.К.Грейга в восточную часть Средиземного моря для военных действий в тылу Оттоманской Порты. (15) В Италию был послан генерал-поручик И.А.Заборовский, назначенный главнокомандующим российскими силами в Средиземноморье. Заборонений с группой агентов до прихода эскадры Грейга должны были, в частности, «возбудить черногорских и иных им единоплеменных народов поднять оружие противу турков…, отыскать во владениях тосканских корсиканцев, в английской службе находившихся, и отправить их в Сицилию, к флота капитану Псаро» (16) бывшему российскому посланнику на Мальте. Последнее объясняется тем, что было решено снарядить и содержать на казенный счет особую легкую флотилию, задачей которой являлось нарушение турецких морских перевозок в Эгейском море. В Петербурге были специально разработаны и изданы «правила для арматеров», плавающих иод русским военным флагом. (17)

Инструкциями, данными Заборовскому, предписывалось корсаров Ламбро Качиони, которые «за неимением там еще морского начальства причиняют иногда разные своевольства», и «дабы от них вместо грабежа ими производимого, лучшую заимствовать пользу», включить в организуемую легкую флотилию на общих основаниях. Базой казенной флотилии был намечен город Сиракузы.
Обвинения в грабежах в адрес Качиони имели под собой реальную почву. Так, в мае он догнал и принудил остановиться для досмотра рагузское купеческое судно. Захватить судно он не посмел, так как знал, что Рагузская республика в войне России и Австрии с Турцией поддерживает нейтралитет. На судне ничего предосудительного обнаружить не удалось, но в тайнике капитанской каюты было найдено 800 червонных. Упустить золото Качиони никак не мог. Ни слезные мольбы капитана, ни его угрозы пожаловаться российскому посланнику при тосканском дворе графу Моцениго не возымели действия, Качиони забрал золото.

Спустя некоторое время Ламбро Качиони через своих осведомителей узнал, что одно из рагузских судов, груженное военными припасами, идет на принадлежащий Турции остров Крит. Качиони устроил на него засаду у берегов этого острова. Однако на этот раз добыча ускользнула: в последний момент рагузскому судну удалось проскочить в порт Кандиго под защиту крепостных пушек. «Все мои меры употреблю сыскать такой фальш, — писал раздосадованный сорвавшейся возможностью уличить Рагузскую республику в нарушении нейтралитета Ламбро Качиони в донесении Потемкину от 27 июня, — и тем, довесит, чтоб оные рагузцы подпали под наши призы». (18)В начале лета Качиони получил секретное письмо из Венеции от посланника Мордвинова, в котором сообщалось о трех английских судах, стоящих в Салониках под погрузкой военного снаряжения, предназначенного для доставки в Боснию. Мордвинов советовал перехватить и осмотреть эти суда. Польза от этого была бы двойная: корсары захватили бы богатую добычу, а русское правительство получило бы вескую карту для своей дипломатической игры с Англией, Отказать Мордвинову Качиони не мог, и поэтому отправился со своими судами в Архипелаг, намереваясь перекрыть все вероятные пути между островами. Во флотилии, надо думать, все знати, куда и с какой целью они идут. Турецкие агенты не замедлили сообщить о готовящейся ловушке. Корсарские суда напрасно поджидали в засаде британских купцов с турецкими грузами. Как потом узнал Качиони, эти грузы остались в Салониках, а осторожные англичане пошли совсем другим маршрутом. (19)

Несмотря на отдельные неудачи, флотилия Ламбро Качиони росла так же быстро, как и его слава бесстрашного и удачливого корсара. Но напрасно Каваллар и другие кредиторы ожидали прибытия захваченных призов. В нарушение всех своих клятв и обещаний, Качиони не отправил ни одного из захваченных судов для продажи в Триест. Если судно оказывалось более-менее пригодным к дальнейшей службе, он вооружал его и включал в состав флотилии. К середине июня флотилия Ламбро Качиони состояла уже из 13 вооруженных судов.

Поодиночке или небольшими группами корсарские суда крейсировали в Архипелаге, заходя в поисках добычи далеко на восток вдоль южного берега Анатолии. С одного из судов, бывшего в таком плавании, Качиони получил сведения о небольшой и слабо укрепленной крепости Кастель-Россо на одноименном острове, лежащем к востоку от Родоса. Ламбро Качиони решил попытаться внезапно захватить ее, надеясь найти там оружие и запасы продовольствия. Собрав у острова Парос большую часть своей флотилии, он отправился к Кастель-Россо.
На рассвете 24 июня корсары внезапно высадились на берег острова и начати штурм крепости.

Осада и обстрел крепости из корабельных орудий продолжались несколько часов. Турки, которых с семьями было в крепости около пятисот человек, опасаясь за жизнь своих близких, в середине дня спустили флаг. Парламентером они выслали греческого митрополита в сопровождении нескольких священнослужителей. Митрополиту с трудом удалось упросить Качиони даровать туркам жизнь и отпустить их с семьями в Анатолию. Греки, которых на острове насчитывалось до четырехсот семей, боялись, и не без основания, что если корсары умертвят турков, то в ближайшем будущем их неминуемо постигнет та же участь от рук турков. Скрепя сердце, Качиони пришлось отказаться от первоначального намерения «некоторых придать смерти во отмщение вероломства от их рода происходящего, а других взять в плен». Получив заверения Качиони, турки передали ключи от крепости и открыли ее ворота. Чтобы все-таки как-то унизить турков и досадить им, Качиони заставил их всех пройти нагнувшись под своей сктоненной шпагой, «чтоб, — как писал он князю Потемкину 27 июня с борта «Северной Минервы», продолжавшей находиться у Кастель-Россо, — они никогда не забыли победоносное наше оружие». (20) Порох, ядра и большую часть их 27 пушек, захваченных в крепости и пригодных к установке на суда, корсары перегрузили на свои корабли. Крупные же и тяжелые орудия они заклепали и сбросили с крепостных стен в море.

Турецкое правительство для защиты своего судоходства в Эгейском море вынуждено было направить в Архипелаг отряд военных судов. Хотя корабли этого отряда были в основном старыми и относительно небольшими, для корсаров они являлись серьезным противником. В общей сложности, к концу лета число судов турецкой эскадры достигло 18.

Первый бой корсаров с турецкими военными судами произошел 20 августа 1788 года, когда «Северная Минерва» случайно столкнулась у острова Скарпента с вражеским отрядом из восьми судов. (21) Случившийся перед этим сильный шторм разбросал корсарскую флотилию, и теперь «Минерва» шла одна в сопровождении двух накануне захваченных турецких судов с грузом кофе и других дорогостоящих товаров. Встреча с турками была так неожиданна, что избежать боя не было никакой возможности. Пытаясь спасти свою ценную добычу, Качиони передал сигналом приказ захваченным судам уходить под всеми парусами, а «Минерва» стала готовиться к бою. От турецкого отряда тут же отделились три быстроходных кирлангича и бросились в погоню за бегущими судами. Остальные вражеские суда небольшой линейный корабль, фрегат и три кирлангича, пошли на сближение с «Минервой». За час до полудня грянули первые выстрелы и сражение началось. Спасительное для корсаров волнение на море, оставшееся от ночного шторма, не позволяло туркам вести меткий огонь.

И корсары, и турки стреляли по парусам, стараясь повредить рангоут и такелаж. К вечеру море успокоилось. Теперь ядра с турецких кораблей все чаще впивались в борта «Северной Минерве», рвали паруса и снасти, ломали рангоут. С каждой минутой уменьшались шансы корсаров остаться в живых. После захода солнца Качиони собрал прямо на палубе совет офицеров. Было решено сжечь «Минерву», как только турки попытаются захватить ее. Взорвать судно было нечем — крюйт-камера была пуста. Около девяти часов, когда пушки «Минервы» делали уже последние редкие выстрелы, а ее экипаж приготовился к самому худшему, турки неожиданно прекратили огонь и стали отходить. Не смея еще верить в свое спасение, корсары смотрели, как медленно тают в темноте наступающей ночи простреленные паруса вражеских кораблей. «… Они возвратились с немалым корабельных снастей убытком., как тогда ж примечено и ныне слышно, да и люди многие побиты, — писал позже Качиони в донесении контр-адмиралу Н.С.Мордвинову.  — Однако ж, и мой фрегат ранен, а более снасти и паруси повреждены от пушечной стрельбы и ружейных пуль». (22) Зато потери в людях были небольшие: из ста пятидесяти человек команды «Северной Минервы» один убитый и четверо раненых.

С приближением времени осенних штормов плавания турецких судов в Эгейском море пошли на убыль. Пора было и корсарам возвращаться в Триест, чтобы там за зимние месяцы отремонтировать суда и подготовить их к следующей кампании.

По пути в Триест корсарская флотилия 20 сентября зашла в Зант, где ее восторженно встречали местные греки. Ламбро Качиони был горд и счастлив. Шутка ли сказать, выйдя ранней весной в поход лишь с одним 28-иушечным кораблем, он вернулся командиром флотилии из 14 вооруженных судов, имея в подчинении полтысячи храбрых и преданных моряков. Настроение ему испортил курьер российского посланника при тосканском дворе графа Моцениго. Курьер доставил пакет, где сообщалось, что он, Ламбро Качиони, впал в немилость Екатерины II, к которой поступили жалобы на грабежи и захват его людьми нейтральных судов, в частности, рагузских. (23) Учитывая, однако, его подвиги в сражениях с турками, он будет всемилостивейшее прощен, если впредь не будет допускать «своевольства и шалостей», будет во всем подчиняться генералу-поручику Заборовскому и вернет награбленное добро рагузским купцам. На словах курьер сообщил Качиони, что Заборовский имеет указание императрицы присоединить его вольную флотилию к организуемой на казенный счет флотилии Г. Лоренци, и что в Сиракузах образована под начальством контр-адмирала Гиббеа специальная комиссия для расследования по жалобам потерпевших претензий к корсарской флотилии. (24)

«… Что я, как выше значит, впал было в несчастие, причина главная греки, — жаловался Качиони в письме к Н.С.Мордвинову. — Греки! И из оных господа Псаро и Моцениго сии искали всегда поглотить меня и за что! Единственно по ненависти, что я не имея ни одной казенной копейки, сделал таковые дела, как выше значит, а они, употребя немалые тысячи казенных, денег на вооружение судов ничего не сделали и в Архипелаге поныне не были». (25)
15 октября все четырнадцать корсарских судов прибыли в Триест и стали в узаконенный портовыми правилами полуторамесячный карантин. Многочисленные кредиторы Ламбро Качиони, потерявшие было надежду вернуть свои деньги, воспряли духом. В Триест также прибыл в качестве полномочного представителя Заборовского бригадир князь В.Мещерский. Цель его приезда состояла в организации ремонта судов корсарской флотилии, чтобы затем отправить их в Сиракузы. Мещерский первым делом обратился к местным властям с просьбой уменьшить срок карантина корсарским судам. Просьба была принята благосклонно —  уже 31 октября с них были сняты карантинные ограничения. (26)

Днем раньше Качиони получил письмо от посланника А.С.Мордвинова с настоятельной просьбой прибыть немедля к нему. К вечеру 31 октября он выехал в Венецию. О чем шла речь при встрече корсара и посланника, сейчас трудно судить, но почти с полной уверенностью можно считать, что вопрос о намеченном присоединении корсарской флотилии к казенной был одним из основных. Мордвиновых, по вполне понятным причинам, совершенно не устраивала перспектива передачи корсарских судов в чужие руки, в случае чего они, в лучшем случае, могли рассчитывать лишь на возвращение им денег, затраченных на покупку и вооружение «Северной Минервы».

На вернувшегося через несколько дней в Триест Качиони набросились кредиторы с требованием оплатить давно просроченные платежи. Качиони же отвечал им, что поскольку его флотилия передается казне, то со всеми претензиями но уплате долгов следует теперь обращаться к российскому начальству. Тогда кредиторы взялись за князя Мещерского. Консулы французский, венецианский, неаполитанский и рагузский требовали от князя выплаты денег по долговым распискам Ламбро Качиони. Австрийские купцы и банкиры настаивали на наложении ареста на суда флотилии. Мещерский, имевший весьма ограниченную сумму денег, к тому же предназначенных на исправление судов флотилии и снабжение их продовольствием для плавания в Сиракузы, вынужден был значительную ее часть выдать на покрытие самых экстренных долгов Качиони.
Нанятый Мещерским в местном адмиралтействе корабельный мастер вместе с Ламбро Качиони осмотрел суда. Ведомость повреждений и расчет стоимости их исправления повергли Мещерского в отчаяние. Он отправил Заборовскому донесение об острой нехватке денег, а пока распорядился вести работы по устранению лишь тех повреждений, без исправления которых суда вообще не могли идти в море. Четыре судна, бывшие в наихудшем состоянии, он намеревался вообще разоружить и оставить в Триесте, а людей с них перевести на другие суда.

К этим осложнениям прибавились вспыхнувшие волнения среди экипажей корсарских судов, требовавших выплаты положенного им жалованья, которого они не получали уже несколько месяцев. Качиони, верный своей политике, отправлял капитанов и матросов к Мещерскому, ссылаясь опять же на то, что теперь за все должна платить казна.

Весьма правдоподобно, что эти волнения были инспирированы самим Ламбро Качиони и его ближайшими сподвижниками, знавшими об отсутствии денег у Мещерского и Заборовского, и старавшихся таким образом заставить их отказаться от принятия корсарской флотилии в казенное ведомство.

Дальнейший ход событий в Триесте, приведший к аресту Ламбро Качиони, весьма красноречиво описан в рапорте В.Мещерского от 24 января 1789 года, выдержки из которого приводятся ниже. (27)

«…Майор Ламбро Качони неоднократно покушался как сам, так и через знакомцев своих уговаривать меня, и просить, чтобы не посылать его в Сиракузы, а отправить прямо в крейсерство, но как я всегда отвечал, что сего сделать невозможно, и чем, более настоял я в сем ответе, тем менее примечал попечения в нем, о скорейшем исправлении судов. …Наконец, когда все было окончено и все суда уже вышли на рейд, ожидая первого способного ветра, чтобы сняться с якоря, майор пришед к консулу нашему, сказал, что он знает, что ему все изменят, и что я сказал, что от него отымут его флотилию, почему он мне не повинуется и в Сиракузы не едет, и кричал таким голосом, что привел консула в великое замешательство…

Призвав тотчас майора к себе, старался вывести его из сего заблуждения…, но Ламбро Качони вместо повиновения должного и признания своего проступка, сказал мне, что он меня не слушает и не повинуется, и в Сиракузы не едет, что отказывается от флотилии, отказывается от команды и от всего.

…На другой день… Ламбро Качони пришел к консулу нашему, бросил ему на стол, бумагу, и. не хотя выслушать от него ни слова, вышел от него вон. Бумага сия содержала в себе на меня протест и наполнена дерзкими выражениями жалоб, в заключение оной объявляет, что находится, в военном порте, и что уже предал себя покровительству императора. Потом пришед прямо к губернатору, которому представил письменное о сем. объявление, и просил, принять его в службу и покровительство императора. Губернатор отказал ему принять сие прошение и купно с командующим генералом старался, обратить его к должности, уговаривая и советуя дружески, но он не только не хотел внимать благоразумным их советам, сказал им, что он не русский, а грек, и потому ничем, российской императрице не обязан и никакому российскому начальнику не повинуется, а притом,, ежели захочут употребить над ним какое насилие, то он имеет много людей на своей стороне. После чего собрал к себе сколько мог капитанов сих судов и, матросов, внушая им, чтоб они моим приказаниям, никак не повиновались и на суда свои отсюда бы не ходили и знали бы только его одного. Потом, вышед на площадь города, кричал во весь голос, что я хочу отнять его флотилию, что хочу его и людей, всех его погубить, что мне прислано от двора пятьдесят тысяч червонных для награждения им, но я оные похитил, присвоив себе, и не дал им ничего, и таковыми разными средствами подвигал их к бунту.

Узнав о сем., я пошел немедленно к губернатору и просил, чтоб повелено было его арестовать… Видя, что не мог словестно убедить губернатора и командующего генерала арестовать его, подал о том письменно ноту, на которое последовало решение удовлетворить мое требование и его арестовать. Созвав потом к себе всех капитанов, требовал от них отзыва, кто повинуется идти в Сиракузы, но как они уже (тли от него предупреждены внушением., что кто из них будет повиноваться моим повелениям, тот не получит, ничего за. все время их службы и должной им из призов часты. Почти все отказали, исключая тех, которые я вчерашнего дня под командою Петра Алесизополя отправил в Сиракузы.

…В требовании кредиторов я подозреваю общее с ним, согласие. Он и поныне продолжает, будучи под арестом, свои деяния, подает на меня протесты и поощряет своих людей требовать освобождения его…»

Между тем окончился период зимних штормов. Турецкие шамбеки, чек-тырьме, габары, кирлангичи снова плавали в водах Архипелага, а корсары продолжали оставаться в гавани Триеста, отказываясь выходить в море без Качиони. И уж ни под каким видом корсарские капитаны не собирались идти в Сиракузы, где контр-адмирал Гиббс только и ждал их прихода, чтобы отобрать патенты.
Все это, в общем, привело к тому, что в тюрьме Ламбро Качиони пробыл недолго. По распоряжению (28) генерал-поручика Заборовского он был освобожден и вновь назначен начальником своей флотилии, которая стала называться «легкой российской флотилией». (29) Заборовскому пришлось пойти на комиромис: оставив флотилию полностью в руках Качиони, он потребовал от последнего обещания подчиняться во всем, что касается боевых действий, контр-адмиралу Гиббсу.

Поскольку флотилия фактически осталась собственностью Качиони, он должен был вернуть казне деньги, которые были израсходованы на ремонт и снабжение его судов Мещерским. В счет этой суммы Качиони обязывался снабжать в случае необходимости казенную флотилию продовольствием, людьми, военным снаряжением.

8 апреля 1789 года легкая флотилия в составе девяти судов под командованием Ламбро Качиони оставила Триест и вышла в море. (30) Перед отходом майор обстоятельнейшим образом описал свои триестские злоключения в рапорте князю Потемкину. Светлейший не оставил без внимания жадобу отважного предводителя корсаров. Учитывая успехи его флотилии в прошедшую кампанию и желая как-то вознаградить Качиони за гонения со стороны местного командования, а главное, для поднятия боевого духа перед грядущими сражениями, Потемкин произвел Качиони в подполковники. (31) Правда, сам Качиони узнал об этом не скоро.

Из бурных событий прошедшей зимы, едва не стоивших Качиони флотилии и свободы, он, надо думать, сделал вывод о необходимости подыскания надежного пристанища для своих судов и людей, куда не могли бы дотянуться ничьи «дружеские» руки. Качиони решил обосноваться на турецкой территории, захватив один из небольших островов Архипелага. Здесь, оставаясь формально под российским командованием, корсары оказывались практически недосягаемыми для всех кроме, разве турков. А их Качиони боялся меньше всего. Поэтому флотилия из Триеста направилась прямо в Эгейское море, где 17 апреля корсары заняли остров Зеа, «порт которого, —  как считал Качиони, — при вступлении в Архипелаг есть лучший из всех прочих островов для учинення сопротивления». На Зеа корсары построили батареи, склады, небольшую верфь для мелкого ремонта судов. (33)

Почти одновременно с корсарской флотилией из Сиракуз в море вышел еще один отряд из шести вооруженных судов. (34) Два из них были из состава казенной флотилии, а четыре других являлись теми корсарскими судами, которые Мещерскому удалось отправить из Триеста в Сиракузы. Командование этим отрядом контрадмирал Гиббс поручил завербованному на русскую службу французу лейтенанту де Шаплету. Три самых крупных корабля казенной флотилии, именовавшихся в документах фрегатами, находились еще в Мессине, где под присмотром Г.Лоренци они ремонтировались, готовясь к первому своему походу в Архипелаг.

В соответствии с планом (35) генерал-поручика Заборовского, корсарская и казенная флотилии должны были встретиться в море, и затем одним отрядом отправиться в северную часть Эгейского моря. Там предполагалось суда флотилий развернуть цепью от Афонской горы до малоазиатского берега для блокирования Дарданелльского пролива и пресечения доставки в Константинополь продовольствия.

Отряд де Шаплета по пути в Архипелаг осмотрел морейский берег. В одной из бухт была обнаружена построечная площадка с почти уже готовой к спуску на воду крупной 36-пушечной шамбекой. Де Шаплет под прикрытием корабельных пушек высадил на берег десант, который сжег это судно, предназначавшееся для турецкого флота. На подходе к Непропонту (36) российские суда встретили турецкий 20-пушечный кирлангич. Удача сопутствовала де Шаплету: кирлангич был потоплен. Затем суда отряда обстреляли из корабельных орудий порт Кристо, где было, судя по рапорту Гиббса князю Потемкину, «побито турок до двухсот человек». (37)

Активизация действий российских флотилий в Эгейском море принудила турецкие власти послать туда эскадру из трех небольших линейных кораблей и семи других военных судов. Первым с турецкой эскадрой встретился де Шаплет. Три дня его легкие суда крейсировали в виду турецкой эскадры, а затем ушли на соединение с отрядом Лоренди, находившимся уже на подходе к Архипелагу. (38)

Получив от де Шаплета сведения о численности и местонахождении вражеской эскадры, Гвильельмо Лоренци отправил нарочного на посыльном судне к Ламбро Качиони с приказом присоединиться к его флотилии. Качиони со своими корсарами в это время находился на острове Зеа. Спеша соединиться с ними, Лоренци решил идти прямо к Зеа. Однако на пути туда он встретил турецкую эскадру, состоявшую теперь уже из трех линейных кораблей, четырех фрегатов, пяти кирлангичей, и двух полугалер. Силы противников были явно не равны, но Лоренци, надеясь на скорый подход флотилии Качиони, решил не уклоняться от боя. Российская флотилия и турецкая эскадра маневрировали, стараясь выиграть ветер и занять благоприятную для боя позицию. При каждом удобном случае противники обменивались залпами, в большинстве своем безвредными, служившими, скорей, для поднятия боевого духа экипажей, чем для поражения врага. Весь день и наступившую ночь противники провели в таком маневрировании. Утром следующего дня Лоренци решился начать сражение имевшимися у него в наличии силами. На грот-мачте флагманского корабля был поднят сигнал: судам флотилии лечь в линию баталии. Вялый и осторожный бой продолжался без какого либо успеха около трех часов, после чего противники разошлись.